有关专利法第三次修改的征求意见稿已于2006年7月31日由中国国家知识产权局（国知局）对外公布，其送审稿也于2006年12月27日送交国务院的司法委员会审议。在此应当提到的是，国知局关于专利工作的部门指南，即《审查指南（2006修订版）》已于2006年7月1日执行。中国专利法实施细则在专利法第三次修改后相应修订的研究与准备工作也已于2007年年初启动。
为帮助读者把握相关专利法律法规变化趋势和要点，下文将侧重描述中国专利法第三次修改的修订草案（简称《专利法（2006修订草案）》）的主要修改内容，并会涉及到《审查指南（2006修订版）》的相关内容。
新颖性与创造性
针对专利申请的新颖性，现行的中国专利法采用了一种混合标准。对于出版物公开采用的是绝对新颖性标准，即与专利申请相关的出版物不论是国内还是国外出版或公布的都被认为是现有技术；而对于其他方式公开采取的是相对新颖性标准，即与专利申请相关的使用公开、销售公开或以其他方式为公众所知只有发生在中国国内才被认定为现有技术。然而，依照《专利法（2006修订草案）》，对于使用公开或以其他方式为公众所知等其他方式公开而言，其地域的限制条件将被取消从而被纳入绝对新颖性标准范畴。因此，在申请中国专利之前，申请人将来应当注意在任何地点以任何形式之公开对其申请新颖性的影响。
就发明的创造性或美国专利系统所指的非显而易见性来说，法律上假定的“所属领域的发明与实用新型的交叉选择
在一定条件下，对于同一发明产品来说，发明申请人可以既申请发明专利又申请实用新型专利，即使最终只有其中一项申请能获得专利。中国的实用新型专利与德国和日本等国家的实用新型专利类似，然而外国企业往往忽略了在中国通过申请实用新型专利的途径来寻求对其产品技术的法律保护。
根据《审查指南（2006修订版）》，当申请人对同一发明技术同时拥有一个授权专利和一个专利申请时，该申请人可选择放弃已授权专利（比如实用新型专利），或撤回专利申请（比如发明专利申请）。如果选择放弃已授权专利，申请人必须声明该专利的放弃是从其申请之日算起。
针对上述情况，《专利法（2006修订草案）》增加了一个条款：如果同一申请人在同一天针对同样的发明创造既提交了发明专利申请又提交了实用新型专利申请，该申请人将可以最终选择发明专利权或实用新型专利权。换句话说，如果申请人在被授予发明专利权时声明放弃已授权的实用新型专利，先前该实用新型的授权经历并不影响后续发明专利权的授予。
应当注意的是，对于依照巴黎公约在中国提交的专利申请来说，申请人可以利用上述的交叉便利同时提交发明专利申请和实用新型专利申请；但对于通过PCT国际申请过程进入中国的申请来说，申请人只能选择申请发明专利或者实用新型专利其中的一项，而不是两项兼有。 以前，申请人可以较为容易地利用分案的方式使得被驳回的专利申请得以延续。根据《审查指南（2006年修订版）》，分案或再分案申请递交的时限计算是依据原案申请（即初始申请）而不仅仅是母案申请的法律状况。这表明中国专利当局趋于更严格地限制分案申请的可能性。
另外，根据审查指南的规定，不论是发明还是实用新型的分案申请都不能改变申请的类别，即分案申请或再分案申请的类别必须与原案申请一致。
国外申请许可和专利出口控制
现行的专利法规定，中国的个人或其他实体将其在中国完成的发明创造向外国申请专利的，应当先在中国申请专利。《专利法（2006修订草案）》改为，任何个人或其他实体将其在中国完成的发明创造向外国申请专利的，应当获得国务院专利行政部门的许可。在此，修订草案将申请人由中国个人或其他实体扩展到包括外国个人或其他实体。这样，现行的简单的在中国先申请之规定可能改为国外申请许可规定，其更为详细的补充规定将是《专利法实施细则》的重要修改内容。
另外，为加强对在中国完成的发明创造向外国提交专利申请的控制，《专利法（2006修订草案）》新增了惩罚条款。根据该惩罚条款，如果某申请人在未经中国官方许可的情况下根据在中国完成的发明创造先向外国提交了申请专利，该发明人就同一发明创造后续在中国提出的专利申请将会被拒绝授予专利权。行政执法
专利的实施与保护是人们关注中国知识产权体系有效性的焦点之一。为了增强执法的力度和效果，中国立法当局试图赋予专利行政管理部门更多的权利来处理与专利有关的纠纷。
由《专利法（2006修订草案）》新增的条款可看出，立法当局旨在授权专利行政管理部门处理专利侵权纠纷和查处专利违法行为。专利行政管理部门可以行使下列职权：询问涉嫌侵权人及有关当事人、调查与涉嫌侵权行为有关的情况及检查实施现场、查阅或复制有关资料以及对有证据证明侵权的相关产品或者设备进行查封或扣押。
为打击专利造假之类的恶劣行为，中国立法当局期望加大行政执法力度。针对假冒他人专利的违法行为，专利法修正草案将对假冒者进行行政罚款的上限从五万元加倍至十万元。针对以非专利产品或方法冒充专利产品或方法的违法行为，专利法修正草案规定专利行政部门可以行使权利没收违法所得并处以违法所得三倍以内的罚款，或者，如果没有违法所得，处以十万元以内的罚款。
专利侵权
为了更有效地抑制专利侵权行为，《专利法（2006修订草案）》对专利侵权所导致的损失赔偿作出了更为严格的规定。在权利人的实际损失、侵权人的非法所得及合理专利许可费均难以确定的情况下，法定赔偿的数额被设定为五千元至一百万元。这样，该法定赔偿的上限将由现在的五十万元加倍至一百万元。
针对故意侵权行为，专利法修订草案规定：在故意侵权行为被认定的情形下，专利行政管理部门有权责令侵权人停止侵权行为并没收其违法所得，还可处以罚款。该类行政罚款可达侵权人违法所得的三倍，而对没有违法所得之情形，该罚款可达十万元。 专利滥用与恶意诉讼
为了保护公众的合法权益，《专利法（2006修订草案）》增加了现有技术抗辩和抑制恶意起诉的条款。就现有技术抗辩来说，在专利侵权纠纷的法院审理或行政处理的过程中，如果被控侵权人有充分证据证明其实施的技术或者设计属于现有技术或者现有设计的，该实施行为不属于侵权行为。
另一方面，如果当专利权人明知其发明专利或实用新型专利属于现有技术或者其外观设计专利属于现有设计的，却又通过行政或司法程序告他方侵权，该专利权人将被视为应当对因其非诚性起诉所造成的损失承担相应赔偿责任。
针对恶意诉讼，专利法修订草案还规定，如果专利权人通过其行为、表述或者沉默使得实施相关专利技术的他人合理地相信专利权人不会主张其专利权，然而该专利权人随后却指控该实施人侵权，受理法院或专利行政管理部门可认定该指控行为违背诚信原则，从而该专利权人无权针对起诉或请求处理之日前他人的实施行为要求赔偿，也无权请求相关部门责令他人停止实施行为。
强制许可与2001年《世界贸易组织多哈部长宣言》有关规定相配合，专利法修订草案进一步规定了可以实施专利强制许可的特殊情形，比如国家紧急状态或公共利益需求。专利法修订草案进一步明确了因流行病出现导致的公共健康危机属于“国家紧急状态”，预防流行病的出现、控制流行病的蔓延或者治疗流行病患者属于“公共利益目的”。该修订草案还增加了当某些国家缺乏或没有足够能力制造用于治疗流行病必需的专利药品时，中国当局可以准予实施强制许可以制造相关专利药品并将其出口到前述需要帮助的国家。
遗传资源的披露
中国拥有丰富的遗传资源和传统知识，在这次专利法修订的酝酿过程中，遗传资源的保护是人们关注的焦点之一。
《专利法（2006修订草案）》首次提出了涉及遗传资源保护的举措。修订草案指出，如果发明的完成依赖于遗传资源的获取和利用，在有关该发明的专利申请说明书中申请人应指明该遗传资源的来源。
另外，该修订草案还进一步规定，如果发明的完成依赖于遗传资源的获取或利用，但相应获取或利用的行为违反有关法律法规，这样的发明将不被授予专利。关于遗传资源披露的具体要求有望在后续专利法实施细则的修正过程中进一步阐明。
涉外代理机构的官方指定
现行的中国专利法自1984年立法以来就给予国务院专利行政部门指定涉外专利代理机构的权力。根据这样的规定，中国申请人向外国申请专利或者外国申请人向中国申请专利都必须委托由官方指定的涉外专利代理机构办理申请手续。现在看来，这样的指定已过时且欠公平。遗传资源的披露
中国拥有丰富的遗传资源和传统知识，在这次专利法修订的酝酿过程中，遗传资源的保护是人们关注的焦点之一。
《专利法（2006修订草案）》首次提出了涉及遗传资源保护的举措。修订草案指出，如果发明的完成依赖于遗传资源的获取和利用，在有关该发明的专利申请说明书中申请人应指明该遗传资源的来源。
另外，该修订草案还进一步规定，如果发明的完成依赖于遗传资源的获取或利用，但相应获取或利用的行为违反有关法律法规，这样的发明将不被授予专利。关于遗传资源披露的具体要求有望在后续专利法实施细则的修正过程中进一步阐明。
涉外代理机构的官方指定
现行的中国专利法自1984年立法以来就给予国务院专利行政部门指定涉外专利代理机构的权力。根据这样的规定，中国申请人向外国申请专利或者外国申请人向中国申请专利都必须委托由官方指定的涉外专利代理机构办理申请手续。现在看来，这样的指定已过时且欠公平。
根据《专利法（2006修订草案）》，上述涉外代理之官方指定的规定将被取消。也就是说，将来外国申请人可以委托任何一家合法设立的中国代理机构申请中国专利，而中国申请人也可以经由中国任何一家合法设立的代理机构以委托外国代理机构或者直接委托国外代理机构办理在国外的专利申请。